home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Danny Amor's Online Library / Danny Amor's Online Library - Volume 1.iso / html / misc / data / pdoc00540 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-07-25  |  2.4 KB  |  51 lines
  1. ****************************************************
  2. * PTN/MK heparin-binding protein family signatures *
  3. ****************************************************
  4.  
  5. The following extracellular heparin-binding proteins involved in regulation of
  6. growth and differentiation belong to a new family of growth factors:
  7.  
  8.  - Pleiotrophin (PTN) [1]. Also  known as  heparin-binding   growth-associated
  9.    molecule (HB-GAM),   heparin-binding  growth  factor  8  (HBGF-8), heparin-
  10.    binding neutrophic factor) (HBNF) and osteoblast specific protein (OSF-1).
  11.    This factor has neurite extension activity.
  12.  - Midkine (MK) [2], a retinoic acid-induced differentiation factor.
  13.  - Retinoic acid-induced heparin-binding protein (RI-HB) [3] from chicken. RI-
  14.    has mitogenic activity and neurite extension activity for PC12 cells. RI-HB
  15.    is possibly the chicken homolog of mammalian MK.
  16.  
  17. These growth factors are highly related proteins of about 140 amino acids that
  18. contain 10  conserved  cysteines  probably  involved in disulfide bonds (their
  19. position is schematically represented in the figure below). These proteins are
  20. also rich in basic residues and in tryptophan.
  21.  
  22.      xxxxxxxCxxxCxxxCxxxxxCxxxCxCxxxxCxxxxCxxxxxxxxxxCxxxxCxxxxxxxxxxxxx
  23.            *************      *************
  24.  
  25. 'C': conserved cysteine probably involved in a disulfide bond.
  26. '*': position of the patterns.
  27.  
  28. We developed  two signature  patterns for  this  family of growth  factors. As
  29. shown in the figure  above, the patterns include the majority of the conserved
  30. cysteines.
  31.  
  32. -Consensus pattern: S-[DE]-C-x-[DE]-W-x-W-x(2)-C-x-P-x-[SN]-x-D-C-G-[LIVM]-G-
  33.                     x-R-E-G
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  35. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  36.  
  37. -Consensus pattern: C-[KR]-[LIVM]-P-C-N-W-K-K-x-F-G-A-[DE]-C-K-Y-x-F-[EQ]-x-W-
  38.                     G-x-C
  39. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  40. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  41.  
  42. -Last update: October 1993 / Patterns and text revised.
  43.  
  44. [ 1] Li Y.-S., Milner P.G., Chauhan A.K., Watson M.A., Hoffman R.M.,
  45.      Kodner C.M., Milbrandt J., Deuel T.F.
  46.      Science 250:1690-1693(1990).
  47. [ 2] Tsutsui J.-I., Uehara K., Kadomatsu K., Matsubara S., Muramatsu T.
  48.      Biochem. Biophys. Res. Commun. 176:792-797(1991).
  49. [ 3] Urios P., Duprez D., Le Caer J.-P., Courtois Y., Vigny M., Laurent M.
  50.      Biochem. Biophys. Res. Commun. 175:617-624(1991).
  51.